口腔溃疡可以使用局部用药来缓解症状，比如西瓜霜喷剂，一般喷后几分钟就能起到一定的止痛、促进愈合作用。
局部外用药物
口腔溃疡散：主要成分有青黛、白矾、冰片等，能清热敛疮，直接撒在溃疡面上，能减轻疼痛，促进溃疡愈合，一般每天使用2 - 3次。重组人表皮生长因子凝胶：能促进皮肤黏膜创面修复，直接涂于溃疡表面，一天使用1 - 2次，能加速溃疡部位的愈合。
补充维生素类药物
维生素B₂片：当人体缺乏维生素B₂时容易引发口腔溃疡，补充维生素B₂可以起到预防和辅助治疗的作用。一般成人每天服用3次，每次1 - 2片。但如果是儿童服用，需要在医生指导下调整剂量。复合维生素B片：含有多种B族维生素，对于因B族维生素缺乏导致的口腔溃疡有帮助。一般成人一次1 - 3片，一日3次。不过长期大量服用可能会出现一些不良反应，需遵医嘱。
缓解疼痛类药物
利多卡因凝胶：这是一种局部麻醉药，对于疼痛较为剧烈的口腔溃疡患者，可以在进食前涂抹少许，能起到暂时止痛的作用，让患者能正常进食，但不能频繁使用，一般一天不超过4次。苯佐卡因凝胶：同样是局部止痛药物，能快速缓解口腔溃疡带来的疼痛，用法是将凝胶涂于溃疡表面，一次用量不宜过多，使用频率也不宜过高。
增强免疫力类药物
转移因子口服溶液：可增强或抑制体液免疫和细胞免疫功能。对于一些因免疫力低下而反复出现口腔溃疡的患者，可以在医生评估后使用。一般儿童一次10ml，一日1 - 2次；成人一次10 - 20ml，一日2 - 3次。但孕妇和哺乳期妇女使用需谨慎，应在医生指导下决定是否使用。