乳腺囊肿的主要原因目前尚未完全明确，但可能与以下几方面因素有关。一般来说，内分泌紊乱是导致乳腺囊肿的常见原因之一。
内分泌紊乱相关因素
激素水平失衡： 女性体内的雌激素和孕激素水平如果出现失衡情况，就可能引发乳腺囊肿。比如在月经周期中，激素水平会有波动，当雌激素相对过多，刺激乳腺组织过度增生，而孕激素相对不足不能很好地调节时，就容易形成囊肿。正常情况下，雌激素能促进乳腺导管增生，孕激素则起到抑制作用，二者平衡时乳腺组织处于稳定状态。催乳素异常： 催乳素分泌异常也和乳腺囊肿有关系。如果体内催乳素水平升高，会影响乳腺的正常生理功能，导致乳腺组织出现异常的生长和分泌，进而增加乳腺囊肿形成的风险。
乳腺结构不良
乳腺小叶增生： 乳腺小叶增生是乳腺结构不良的一种表现。当乳腺小叶发生增生时，会影响乳腺的正常结构和功能，使得乳腺组织局部出现囊性改变，从而形成乳腺囊肿。小叶增生可能与女性的内分泌状态、精神压力等多种因素相关，长期精神紧张、焦虑等情况可能会加重小叶增生的程度，增加乳腺囊肿发生几率。导管扩张： 乳腺导管如果出现扩张情况，也可能引发乳腺囊肿。导管扩张后，内容物排出不畅，就容易在导管内形成潴留性囊肿。导管扩张的原因可能与乳腺的生理变化、炎症等有关，比如乳腺局部的慢性炎症刺激可能会导致导管周围组织发生改变，引起导管扩张。
其他可能因素
哺乳因素： 对于有过哺乳经历的女性，哺乳期间如果出现乳汁排出不畅的情况，也可能增加乳腺囊肿的发生风险。例如，某个乳腺小叶的导管堵塞，乳汁积聚在导管内，就可能形成囊肿。不过这种情况相对来说，在充分哺乳、乳汁顺利排出后，发生几率会降低，但如果有排乳不畅的情况存在，就容易引发问题。年龄因素： 一般来说，30 - 50岁的女性相对更易患乳腺囊肿。这个年龄段的女性体内激素水平相对不稳定，乳腺组织也处于相对活跃的状态，所以更容易受到各种因素影响而出现乳腺囊肿相关问题。