腋下长小疙瘩且很疼可能是由淋巴结炎、皮下脂肪瘤、皮脂腺囊肿、毛囊炎等导致。具体如下：
一、淋巴结炎：通常由链球菌、金黄色葡萄球菌等引起。表现为腋下长出疼痛的小疙瘩。治疗用药方面，如罗红霉素可用于抗菌消炎，阿昔洛韦可用于病毒感染引发的情况等。在必要时，还可能会进行手术治疗。
二、皮下脂肪瘤：大部分脂肪瘤并无明显感觉，但有些脂肪瘤会出现刺痛感，特别是生长位置较表浅且长期受到摩擦时，可能产生疼痛感。临床上对于其的治疗主要是通过手术切除。
三、皮脂腺囊肿：由于皮脂腺积聚、堵塞等而形成。可导致腋下长小疙瘩且伴有疼痛。可使用的药物包括红霉素软膏、莫匹罗星等进行消炎处理。若囊肿过大，则需进行外科手术来治疗。
四、毛囊炎：主要因毛囊局部出现炎症引起，通常会有红肿疼痛的症状。治疗上常外用抗菌消毒药物，如碘伏等，严重时可能需内服抗生素进行治疗。
总之，当腋下出现长小疙瘩且很疼的情况时，应及时就医，明确具体病因后采取针对性的治疗措施。