药物流产20天阴道仍有褐色分泌物未流干净，需依据原因采取相应治疗，常见原因包括子宫收缩不良、宫腔感染以及宫腔残留。
一、子宫收缩不良导致出血持续时间长的治疗：
1.药物治疗：可使用能收缩子宫的药物，如静脉点滴缩宫素或口服新生化颗粒等，以促进子宫收缩，帮助止血。
二、宫腔感染导致出血的治疗：
1.药物治疗：需要应用抗感染药物，例如头孢克肟等，以消除感染，改善出血情况。
三、宫腔残留导致出血的治疗：
1.手术治疗：药物治疗通常效果不佳，需通过手术清宫，将残留物彻底清除，从而实现根治。
总之，当药物流产后出现长时间褐色分泌物时，要明确具体原因，然后针对性地选择合适的治疗方法，以促进身体恢复。