药物流产20天阴道仍有褐色分泌物未流净，需根据具体原因采取相应治疗，常见原因有子宫收缩不良、宫腔感染、宫腔残留。
一、药物治疗：
1.若因子宫收缩不良致出血时间长，可使用收缩子宫的药物，如静脉滴注缩宫素或口服新生化颗粒等，以促进子宫收缩，帮助止血。
2.对于宫腔感染引起的情况，需要应用抗感染药物，如头孢克肟等，以控制感染，改善症状。这些药物的使用均需严格遵循医嘱。
二、手术治疗：
若为宫腔残留导致，通常药物治疗效果不佳，需进行手术清宫，将残留物清除干净，才能彻底解决问题。
总之，当药物流产后出现长时间阴道褐色分泌物时，要及时明确原因，根据具体情况选择合适的治疗方法，以保障身体恢复健康。