生化妊娠和流产在生理阶段及症状方面存在差异。具体如下：
一、生理阶段不同
1.流产是指怀孕未满28周且胎儿体重不足1000g时妊娠终止，其发生时间相对靠后。
2.生化妊娠通常发生在怀孕5周左右，这个阶段更早。它们虽都有精子和卵子结合，都属于胚胎丢失，但具体发生在精卵结合后的不同时期。
二、症状各异
1.生化妊娠的停经时间很短或可能没有明显停经史，在出血前宫腔内看不到孕囊，出血时一般不伴有腹痛或腹痛极其轻微，出血状况类似月经；血HCG只是一过性增高，出血后很快就不能从体内检测到。
2.流产则有明确的停经史，且停经后在宫腔内已能看到孕囊或胚胎，流产前有明显腹痛，之后才出现阴道流血，有时血液中可看到孕囊，出血量往往比月经多，若是不完全流产出血会持续不止；胚胎完全排出后血HCG最长要4周才会转为阴性。
总之，可通过临床表现、B超、血HCG等来对生化妊娠和流产进行鉴别。