生化妊娠和自然流产存在以下区别：
一、定义不同：
1.生化妊娠指血HCG值一过性增高后又很快下降，主要因受精卵着床失败引起，B超检查未发现孕囊，即受精卵未成功着床。
2.自然流产是指妊娠28周之前，受精卵已成功着床，B超可发现孕囊，但最终妊娠结局为流产，按宫内妊娠物是否自行完全排出，可分为不完全流产和完全流产。
二、症状不同：
1.生化妊娠通常无明显临床症状，仅表现为月经量增多或月经稍延迟，易被当作月经而忽视。
2.自然流产有明显停经史，停经后可能出现阴道不规则出血、腹部疼痛、妊娠物排出等。
三、治疗方案不同：
1.生化妊娠发生时一般无需特殊治疗，多数为偶发性，不影响生育功能。
2.自然流产需根据流产情况采取治疗措施，若为完全流产通常无需特殊治疗，若为不完全流产，则需给予药物治疗或清宫手术治疗，如遵医嘱服用米非司酮、米索前列醇可促使胚胎及胚胎组织物排出宫腔，清宫手术主要是在B超引导下将宫腔内孕囊清理出体外。
总之，生化妊娠和自然流产在定义、症状和治疗方面都有明显差异，需要正确区分和处理。