梅毒晚期主要是指三期梅毒，一般在感染梅毒螺旋体后10~30年出现。三期梅毒会累及多个系统，出现多种症状。
皮肤黏膜损害症状
结节性梅毒疹： 一般为豌豆大小的结节，质地较硬，可排列成环状、蛇行状等，好发于头面部、肩部、背部等部位。结节可自然消退，遗留萎缩性瘢痕。树胶肿： 是三期梅毒的典型表现，初起为皮下小硬结，逐渐增大，中心软化破溃，形成穿凿性溃疡，呈圆形或椭圆形，边界清楚，基底不平，有黏稠树胶状脓汁渗出，愈后形成瘢痕。
骨梅毒症状
骨膜炎： 较为常见，多发生于长骨，表现为骨骼疼痛，夜间加重，局部可有肿胀。骨树胶肿： 可累及颅骨、胫骨等，颅骨树胶肿可形成死骨，导致颅骨缺损；胫骨树胶肿可引起胫骨前骨膜增生，形成佩刀胫。
心血管梅毒症状
单纯性主动脉炎： 可无明显症状，部分患者有胸痛、心悸等表现。主动脉瓣关闭不全： 是心血管梅毒较常见的并发症，患者可出现呼吸困难、乏力、心绞痛等症状，严重时可导致心力衰竭。主动脉瘤： 多发生于升主动脉，其次为主动脉弓，瘤体增大时可压迫周围组织，引起相应症状，如胸痛、咳嗽、声音嘶哑等，瘤体破裂可危及生命。
神经梅毒症状
无症状神经梅毒： 患者无明显症状，但脑脊液检查有异常。脑膜血管梅毒： 可出现头痛、呕吐、偏瘫、失语等神经系统症状。麻痹性痴呆： 表现为进行性痴呆、人格改变、智能减退、震颤等。脊髓痨： 主要表现为闪电样疼痛、感觉性共济失调、尿失禁、阳痿等。