甲状腺炎的病因较为多样，比如自身免疫因素就可能引发，像自身免疫性甲状腺炎，约有10% - 15%的女性在一生中可能会患上这类疾病。
自身免疫因素导致
自身免疫性甲状腺炎： 人体免疫系统出错，把甲状腺当成了“敌人”进行攻击。比如慢性淋巴细胞性甲状腺炎，就是自身免疫反应持续作用，慢慢破坏甲状腺组织。患者体内会产生针对甲状腺的自身抗体，像甲状腺过氧化物酶抗体（TPOAb）、甲状腺球蛋白抗体（TgAb）等会明显升高。产后甲状腺炎： 部分女性在产后1年内容易出现，这和产后身体免疫状态的改变有关。大约有5% - 10%的产妇会发生产后甲状腺炎，一般先出现甲亢症状，之后可能转为甲减。
病毒感染引发
病毒性甲状腺炎： 最常见的是亚急性甲状腺炎，多由病毒感染引起，比如柯萨奇病毒、腮腺炎病毒、流感病毒等感染后，引发甲状腺的炎症反应。通常在病毒感染后1 - 3周发病，患者会出现甲状腺部位疼痛，疼痛可放射至耳部，还伴有发热等症状。其他病毒相关： 有些病毒感染后，也可能间接导致甲状腺出现炎症变化，影响甲状腺的正常功能。
放射性损伤因素
放射性治疗相关： 头颈部接受放射性治疗的患者，比如因鼻咽癌等疾病进行放疗时，甲状腺受到辐射影响，容易引发甲状腺炎。接受放射性治疗后数月至数年，可能会出现甲状腺功能异常，导致甲状腺炎的发生概率增加。环境放射性暴露： 长期处于放射性环境中，虽然这种情况相对较少，但也可能损伤甲状腺组织，诱发甲状腺炎。