吃紧急避孕药有一定危害，一般每年使用不宜超过3次。
对月经周期的影响
月经提前或推迟： 紧急避孕药会干扰体内的激素水平，多数人用药后月经会有所改变，约有1/3的女性可能出现月经提前，也有1/3左右的人会出现月经推迟的情况，一般推迟或提前7天内属于常见波动，但如果超过10天仍未来潮，需排查是否妊娠。经期出血量变化： 部分女性服用后经期出血量可能增多或减少，比如有的女性月经量会比平时明显增多，持续时间也可能延长。
对身体的其他短期影响
恶心呕吐： 约有10% - 20%的人服用紧急避孕药后会出现恶心症状，其中少数人还会伴有呕吐，一般在服药后的24小时内出现，症状较轻的通常不需要特殊处理，1 - 2天可自行缓解。头晕乏力： 少数人服药后会有头晕、乏力的感觉，这种情况一般持续时间较短，多在24小时内逐渐减轻消失，期间要注意多休息，避免进行高空作业、驾车等需要高度集中注意力的活动。
并非常规避孕方式
避孕失败风险： 紧急避孕药的避孕有效率并不是100%，约有2% - 4%的失败几率，也就是说即使服用了紧急避孕药，仍有少数人会意外怀孕。而且紧急避孕药只对服药前的无保护性生活有避孕作用，服药后再发生无保护性生活，还有再次怀孕的可能。不能替代常规避孕： 不建议把紧急避孕药作为常规的避孕方法频繁使用，因为它对身体的影响相对较大，若长期依赖，会打乱正常的内分泌功能，增加月经紊乱、内分泌失调等问题的发生几率，平时还是应选择更安全、可靠的常规避孕方式，如避孕套、短效口服避孕药、宫内节育器等。