新生儿黄疸过高主要与胆红素代谢特点有关。新生儿出生后，胆红素生成相对较多，而肝脏对胆红素的摄取、结合和排泄能力不足，约60%足月儿和80%早产儿会出现生理性黄疸，但若黄疸值超过一定范围就属于过高。一般足月儿血清胆红素超过221μmol/L，早产儿超过257μmol/L就可能是过高情况。
胆红素生成过多方面
红细胞破坏过多： 新生儿红细胞寿命相对较短，约70 - 90天，比成人短，所以容易被破坏，产生较多胆红素。比如一些新生儿存在红细胞增多症，会使红细胞数量比正常多，破坏后生成的胆红素也就相应增加。血红素加氧酶含量高： 新生儿体内血红素加氧酶含量比成人高，这种酶能把血红素转化为胆红素，所以会生成更多胆红素。
肝脏处理胆红素能力不足方面
摄取胆红素能力弱： 刚出生的新生儿肝脏内Y、Z蛋白含量低，这两种蛋白是负责摄取胆红素的，所以摄取胆红素的能力较弱，导致胆红素在体内堆积。例如早产儿这种情况更为明显，Y、Z蛋白含量比足月儿还低。结合胆红素能力不足： 肝脏中尿苷二磷酸葡萄糖醛酸转移酶（UGT）活性不足，该酶能将未结合胆红素转化为结合胆红素，由于活性不足，结合胆红素的能力受限，使得未结合胆红素不能及时转化，从而导致黄疸过高。
胆红素排泄障碍方面
肠道排泄胆红素功能不完善： 新生儿肠道内菌群尚未完全建立，正常情况下肠道内的细菌能将结合胆红素还原成尿胆原等排出体外，但新生儿肠道菌群建立不完善，就会影响胆红素的排泄。比如母乳喂养的新生儿，肠道菌群建立相对慢一些，可能在一定程度上影响胆红素排泄。肝肠循环增加： 新生儿肠道内结合胆红素排泄减少，会使更多胆红素被肠道重吸收，形成肝肠循环，导致血液中胆红素水平升高。比如一些肠道功能不成熟的新生儿，这种肝肠循环增加的情况更易发生。