新生儿黄疸高主要与胆红素代谢特点有关。新生儿出生后，体内胆红素产生相对较多，而肝脏对胆红素的摄取、结合和排泄能力不足，约60%足月儿和80%早产儿会出现生理性黄疸，足月儿一般生后2-3天出现黄疸，4-5天达高峰，7-10天消退。
胆红素生成过多
红细胞破坏多： 新生儿红细胞寿命相对较短，约70-90天，比成人短，所以容易被破坏，产生较多胆红素。例如，正常成人红细胞寿命约120天，新生儿红细胞更新快，破坏后释放出更多胆红素。血红素加氧酶含量高： 新生儿体内血红素加氧酶在生后1-7天内含量高，使血红素转化为胆红素的过程增强，导致胆红素生成增加。
肝脏处理胆红素能力不足
摄取胆红素能力差： 新生儿肝脏内Y、Z蛋白含量低，生后5-10天才达到成人水平，这两种蛋白是摄取胆红素的重要载体，所以摄取胆红素的能力较弱。结合胆红素能力不足： 肝细胞内尿苷二磷酸葡萄糖醛酸转移酶（UGT）活性低下，约于生后1周达到正常水平，该酶是将未结合胆红素转化为结合胆红素的关键酶，活性低就会使结合胆红素的能力不足。
肠肝循环特点
肠道菌群未完全建立： 新生儿肠道内正常菌群尚未完全建立，导致肠道内的葡萄糖醛酸苷酶活性较高，这种酶会将结合胆红素水解成未结合胆红素，又重新被肠道吸收进入血液，形成肠肝循环，使得血液中胆红素水平升高。肠道排泄胆红素受限： 新生儿肠道相对较短，蠕动功能较差，排泄胆红素的速度较慢，也会促进肠肝循环的进行，进一步加重黄疸。