卵巢囊肿一般不能通过吃药直接消除，不过可以根据囊肿性质等情况遵医嘱用一些药物辅助。对于生理性卵巢囊肿，部分可能会自然消退，无需特殊用药；而对于一些病理性卵巢囊肿，可能会用到避孕药等药物。比如短效口服避孕药，可调节激素水平，对一些因激素引起的卵巢囊肿有一定辅助作用，但一般也不能保证完全消除囊肿。
生理性卵巢囊肿的情况
多数可观察： 如果是直径小于5厘米的生理性卵巢囊肿，比如滤泡囊肿或黄体囊肿，很多会在月经周期变化中自然消失，一般不需要吃药消除，只需要定期（通常建议1-3个月）复查B超，观察囊肿变化情况就行。无需特殊用药： 这类囊肿通常是由于激素波动引起，身体有自行调节恢复的可能，一般不用特意吃消除囊肿的药物，主要靠定期监测囊肿大小变化。
病理性卵巢囊肿的药物辅助情况
避孕药的作用： 对于一些与激素相关的病理性卵巢囊肿，像子宫内膜异位症引起的卵巢巧克力囊肿，可能会用到短效口服避孕药。它可以调节体内激素水平，抑制子宫内膜异位症的病灶活性，从而在一定程度上控制卵巢囊肿的生长，但也不能保证完全消除囊肿，一般需要连续服用3-6个月，然后再复查评估。其他药物： 还有一些情况可能会用到桂枝茯苓丸等中药制剂，有一定活血化瘀等作用，可能对缩小囊肿有一定辅助作用，但效果因人而异，也不能保证能消除囊肿，同样需要在医生指导下使用，并且定期复查B超看囊肿变化。
特殊人群用药注意
育龄女性： 若育龄女性有卵巢囊肿且考虑用药，使用短效避孕药等药物时要注意月经周期，必须在医生指导下规范用药，不能自行随意服用，因为不同的卵巢囊肿情况用药有差异。哺乳期女性： 哺乳期女性如果有卵巢囊肿需要用药，要特别告知医生自己处于哺乳期，因为很多药物可能会通过乳汁影响婴儿，医生会选择相对安全对婴儿影响小的药物或调整用药方案。