怀孕三个月没胎心可能有多种原因，常见的包括胚胎染色体异常，这是早期流产最常见的原因，约占50%-60%；母体因素，如孕妇患有严重感染、高热疾病、严重贫血或心力衰竭、血栓性疾病等，会影响胚胎发育导致没胎心；子宫因素，子宫畸形、子宫黏膜下肌瘤等也可能干扰胚胎着床发育；内分泌因素，孕妇黄体功能不全、甲状腺功能减退等内分泌异常情况，不利于胚胎生长；免疫因素，孕妇自身免疫异常等也可能引发这种情况。
胚胎染色体异常
胚胎染色体异常是导致怀孕三个月没胎心的重要原因。正常胚胎发育需要染色体数目和结构正常，若染色体出现数目或结构的异常，就会影响胚胎的正常发育，最终可能导致没胎心。这种情况是随机发生的，可能与父母生殖细胞在减数分裂时染色体发生异常分离等因素有关。
母体因素影响
孕妇自身的一些疾病等母体因素会影响胚胎发育。例如孕妇患有严重感染时，病原体产生的毒素等可能影响胚胎；高热疾病会使孕妇体温升高，影响胚胎的生长环境；严重贫血或心力衰竭会导致胚胎得不到充足的血氧供应，从而影响发育；血栓性疾病会影响子宫胎盘的血液循环，不利于胚胎存活，这些都可能造成怀孕三个月没胎心。
子宫因素作用
子宫的状况对胚胎发育至关重要。子宫畸形会使子宫腔形态异常，不利于胚胎着床和生长；子宫黏膜下肌瘤会占据子宫内空间，影响胚胎着床位置和发育空间，进而可能导致没胎心。
内分泌因素干扰
内分泌系统的稳定对胚胎发育很关键。孕妇黄体功能不全时，黄体分泌的孕激素不足，不能维持子宫内膜的蜕膜化，影响胚胎着床和发育；甲状腺功能减退时，甲状腺激素分泌减少，会影响胚胎的新陈代谢等多种生理过程，导致胚胎发育异常，出现没胎心的情况。
免疫因素影响
免疫因素也可能参与其中。孕妇自身免疫异常时，免疫系统可能将胚胎视为“异物”进行攻击，破坏胚胎的正常发育，最终导致怀孕三个月没胎心。