中耳炎难以根治的原因可能包括中耳解剖结构、体质因素、治疗不当、继发感染。若自身不能明确具体原因，可积极就诊，在医生帮助下找寻原因。
一、中耳解剖结构：中耳处于颞骨内，存在孔小且洞深的情况，肉眼难以清晰观察到。倘若患者有耳道狭窄的问题，在临床进行耳道鼓室清洗时操作会十分困难，这种先天性的解剖结构致使中耳局部一旦出现炎症病变，就不太容易实现彻底治疗，很容易残留病变。
二、体质因素：有些患者体质较为虚弱，或是经常熬夜而未得到充足休息，使得抵抗力较差。即便用药后中耳炎症状得以缓解，但在抵抗力低下时，病菌可能会趁机而入，再次引发中耳炎，从而呈现出中耳炎难以根治的情况。
三、治疗不当：部分患者患有中耳炎却长期滥用抗生素类药物，导致中耳乳突内的细菌出现耐药性，此时再应用抗生素往往难以取得较好效果。而且如果确诊为中耳炎后，每次治疗的疗程和剂量不足，导致急性中耳炎反复迁延不愈，容易形成慢性中耳炎，也可能导致难以根治。此外，一些慢性中耳炎患者仅采用药物治疗而不进行手术治疗，同样会出现难以根治的现象，临床上对于慢性化脓性中耳炎，绝大多数需要通过鼓室成型手术或改良乳突根治手术才能实现治愈。
四、继发感染：例如患者存在慢性发作的鼻窦炎、鼻炎、腺样体肥大，或者反复发作的咽喉炎、扁桃体炎、支气管炎等炎症性疾病。若这些疾病反复发作，病毒、细菌可通过咽鼓管逆流进入中耳腔内，引发继发感染，导致中耳炎反复发作。所以，要是邻近部位的疾病未得到根治，致使中耳炎的诱因未被根除，那么中耳炎也会很难根治。
总结概况提示：中耳炎难以根治受多种因素影响，了解这些因素有助于更好地进行诊断和治疗，以提高根治的可能性。