男性生殖器疱疹主要通过抗病毒药物来治疗，常用的如阿昔洛韦，一般在发病后尽快使用，能缩短病程、减轻症状。
抗病毒药物选择
阿昔洛韦： 属于核苷类抗病毒药物，能干扰病毒DNA合成，抑制病毒复制。可口服，也有外用的软膏剂型，口服一般需要连续服用数天。伐昔洛韦： 是阿昔洛韦的前体药物，生物利用度比阿昔洛韦高，服用次数相对较少，疗效与阿昔洛韦相当。
日常护理要点
保持局部清洁： 要每天用清水清洗生殖器部位，保持局部干燥、清洁，防止继发细菌感染。清洗时动作要轻柔，避免损伤患处。避免性生活： 在疱疹发作期间，一定要避免性生活，防止将病毒传染给性伴侣。即使疱疹症状缓解后，也建议使用安全套进行防护，降低传染风险。
生活方式调整
增强免疫力： 要注意合理作息，保证每天7~8小时的睡眠时间，让身体得到充分休息。还要均衡饮食，多摄入富含维生素、蛋白质的食物，像新鲜蔬菜、水果、瘦肉、鱼类等，有助于提高身体免疫力，减少疱疹复发的几率。避免诱因： 要尽量避免劳累、饮酒、感冒等诱发因素。长期劳累会使身体免疫力下降，容易导致疱疹复发；饮酒会影响免疫系统功能；感冒也会削弱身体对病毒的抵抗力。