多囊卵巢综合征的病因目前尚未完全明确，不过有一些主要因素被认为与之相关。一般认为可能有遗传因素参与，据研究，约60% - 70%的患者存在遗传易感性，也就是说如果家族中有亲属患多囊卵巢综合征，那么个体患病风险会增加。
遗传因素影响
家族遗传倾向： 多囊卵巢综合征具有一定的家族聚集性，如果母亲或姐妹患有多囊卵巢综合征，那么女性亲属患病的概率比正常人群要高。比如有家族史的女性，患病风险可能是无家族史女性的2 - 3倍。基因层面关联： 目前已经发现一些与多囊卵巢综合征相关的基因位点，这些基因可能影响激素的分泌、代谢等过程，从而增加患病几率。
内分泌失调因素
下丘脑 - 垂体 - 卵巢轴调节异常： 下丘脑分泌的促性腺激素释放激素（GnRH）以及垂体分泌的促性腺激素（如黄体生成素LH、卵泡刺激素FSH）失衡是重要原因。正常情况下，LH和FSH保持相对平衡，而多囊卵巢综合征患者往往出现LH水平升高、FSH水平相对偏低的情况，这会导致卵巢内卵泡发育异常，不能正常排卵。胰岛素抵抗问题： 约50% - 70%的多囊卵巢综合征患者存在胰岛素抵抗。胰岛素抵抗使得身体对胰岛素的敏感性降低，胰腺需要分泌更多胰岛素来维持血糖正常，高胰岛素血症又会刺激卵巢分泌过多雄激素，进而影响卵泡发育和排卵，形成恶性循环。
生活方式因素
饮食不规律与肥胖影响： 长期高热量、高脂肪、高糖的饮食，再加上缺乏运动，容易导致体重增加，尤其是腹型肥胖。体重指数（BMI）≥25的女性患多囊卵巢综合征的风险明显升高。比如BMI在25 - 29.9之间的女性，患病风险比BMI正常（18.5 - 23.9）的女性高约30%。长期精神压力大： 长期处于高压力状态下，会影响神经内分泌系统的调节功能，导致激素分泌紊乱，也可能增加多囊卵巢综合征的发病风险。比如一些长期面临工作、生活双重压力的女性，患病几率相对较高。