肝内胆管结石的形成原因较为复杂，主要与胆道感染、胆汁淤积以及胆道寄生虫等因素有关。比如，胆道感染会导致胆道黏膜出现炎症、水肿等，使得胆汁中的成分容易沉淀形成结石；胆汁淤积时，胆汁中的胆色素等物质浓度升高，也容易析出形成结石。
一、胆道感染因素
胆道细菌感染： 当胆道发生细菌感染时，细菌会产生一些物质，影响胆汁的成分和性状。例如，大肠杆菌等常见细菌感染后，可能会使胆汁中的炎症介质增多，导致胆汁中的胆盐、胆固醇等代谢失衡，增加结石形成风险。据相关研究统计，约有50% - 80%的肝内胆管结石患者存在胆道感染的病史。寄生虫感染相关感染： 如肝吸虫感染，肝吸虫在胆道内寄生，会引起胆道的炎症反应，同时其虫卵、虫体残骸等会成为结石形成的核心物质，促进结石的形成。肝吸虫感染在一些流行地区较为常见，这些地区肝内胆管结石的发病率相对较高。
二、胆汁淤积因素
胆道狭窄： 胆道本身的狭窄，无论是先天性的胆道狭窄还是后天因炎症、手术等导致的胆道狭窄，都会阻碍胆汁的正常流动。比如先天性胆道局部狭窄，会使胆汁在肝内胆管内淤积，胆汁中的成分逐渐浓缩、沉淀，进而形成结石。据临床观察，胆道狭窄患者中肝内胆管结石的发生率比正常人群高出数倍。胆汁成分异常： 正常胆汁中胆盐、胆固醇、卵磷脂等保持一定的比例，当这个比例失调时，就容易出现胆汁淤积相关的结石。例如，胆固醇含量过高，超过了胆汁中胆盐和卵磷脂能溶解它的能力，胆固醇就会析出形成结石；或者胆色素代谢异常，也会导致胆色素结石的形成。
三、其他因素
饮食习惯： 长期高脂、高糖、高胆固醇饮食的人，胆汁中的脂质成分会增多，容易引发胆汁成分的改变，增加肝内胆管结石的发病几率。比如长期大量摄入油炸食品、动物内脏等富含高脂肪和高胆固醇的食物，会使胆汁中的胆固醇水平升高，促进结石形成。年龄与性别： 一般来说，30 - 50岁的人群相对更容易患肝内胆管结石，而且男性和女性的发病比例在不同地区可能有所差异，但总体上并没有明显的性别特异性差异。不过随着年龄增长，胆道系统的功能逐渐发生变化，结石形成的风险也会相应增加。