精子稀少可能由多种因素引起。一般来说，精索静脉曲张是常见原因之一，约有39%的男性不育症是由精索静脉曲张导致精子稀少，这是因为精索内静脉回流受阻，造成局部温度升高、缺氧等，影响精子生成。
内分泌因素：
垂体功能减退： 垂体前叶病变会影响激素分泌，比如促性腺激素分泌不足，就会干扰精子的生成过程。像席汉综合征，由于产后大出血导致垂体缺血坏死，进而引起促性腺激素等分泌减少，可使精子生成受影响。甲状腺功能异常： 甲状腺功能亢进或减退都会影响内分泌平衡，从而影响精子的产生。甲状腺功能亢进时，过多的甲状腺激素会干扰生殖内分泌轴，导致精子数量减少；甲状腺功能减退时，甲状腺激素分泌不足，也会影响精子的生成和发育。
生殖系统感染：
附睾炎： 附睾是储存和输送精子的重要器官，附睾炎会影响精子的生存环境。例如大肠杆菌引起的附睾炎，炎症会导致局部出现水肿、充血等情况，影响精子的正常生成和运输，使精子稀少。前列腺炎： 前列腺液是精液的重要组成部分，当前列腺发生炎症时，会改变精液的成分和酸碱度等，影响精子的活力和生成，长期的前列腺炎可能导致精子数量减少。
不良生活方式：
吸烟酗酒： 长期吸烟的男性，其精子数量和活力往往低于不吸烟的男性。烟草中的尼古丁等有害物质会影响精子的生成和发育。而长期大量酗酒，酒精会干扰雄激素的合成，抑制精子的生成，一般连续酗酒超过2周，就可能对精子产生明显影响。长期高温环境： 长期处于高温环境下工作或生活，会影响睾丸的生精功能。比如经常穿紧身裤、长时间泡热水澡、在高温车间工作等，睾丸局部温度升高，不利于精子的生成，长时间处于35℃以上的高温环境持续1个月左右，就可能导致精子稀少。