支原体检查主要通过病原学检查和血清学检查来进行。一般来说，医院进行支原体检查的流程相对规范，从样本采集到得出结果可能需要一定时间。
病原学检查之咽拭子采样检查
咽拭子采集： 医生会用一根无菌的棉签在患者的咽部轻轻擦拭，采集分泌物样本。这个过程一般比较快速，几秒钟就能完成。检测方法： 将采集到的咽拭子样本送到实验室，通过PCR（聚合酶链式反应）等技术来检测是否存在支原体的核酸。PCR检测的灵敏度较高，能较准确地判断是否有支原体感染。
病原学检查之痰液采样检查
痰液采集： 患者需要用力咳出深部的痰液，装到特定的容器中。对于能配合的成人来说，一般都能完成痰液采集。检测流程： 实验室对痰液样本进行处理后，同样采用PCR等方法检测支原体核酸。如果痰液中的支原体数量较多，检测出阳性的概率相对较高。
血清学检查之支原体抗体检测
采血时间： 一般需要采集急性期和恢复期的双份血清。通常第一次采血在发病初期，第二次采血在发病后2 - 3周左右。检测原理： 通过检测血清中支原体抗体的水平变化来判断感染情况。如果恢复期血清抗体水平比急性期升高4倍及以上，就提示有支原体感染。例如，某患者急性期支原体抗体阴性，恢复期抗体阳性且滴度有4倍以上升高，基本可以确诊支原体感染。
其他检查方式之支原体培养
样本要求： 需要采集合适的样本，如呼吸道分泌物等。培养过程相对复杂，需要将样本放在特定的培养基中培养。培养时间： 一般需要3 - 7天左右才能观察到是否有支原体生长。如果培养出支原体，就能明确是支原体感染，但这种方法相对耗时，临床应用不如PCR等方法广泛。