多囊卵巢综合症的病因目前尚未完全明确，但研究发现可能与以下因素有关。一般认为，遗传因素可能起到一定作用，据统计，约60% - 70%的患者存在遗传异常。
遗传因素：
家族遗传倾向： 如果家族中有亲属患有多囊卵巢综合症，那么女性成员患病的风险会相对增加。比如母亲患有多囊卵巢综合症，女儿患病的概率比正常人群要高很多。遗传因素可能通过影响激素调节相关的基因，导致内分泌紊乱，从而引发多囊卵巢综合症。基因变异影响： 某些特定基因的变异也与多囊卵巢综合症的发生相关。例如，与胰岛素抵抗、雄激素合成等相关的基因发生变异时，就可能干扰正常的内分泌和代谢功能，增加患病风险。
内分泌失调：
下丘脑 - 垂体 - 卵巢轴调节异常： 下丘脑分泌的促性腺激素释放激素（GnRH）和垂体分泌的促性腺激素（如促卵泡生成素FSH、促黄体生成素LH）之间的平衡失调。正常情况下，FSH和LH的比例相对稳定，以促进卵泡的正常发育和排卵。但在多囊卵巢综合症患者中，往往出现LH水平升高，FSH水平相对正常或偏低，导致LH/FSH比值升高，进而影响卵巢的正常功能，使卵巢不能正常排卵，同时雄激素分泌增加。胰岛素抵抗与高胰岛素血症： 约50% - 70%的多囊卵巢综合症患者存在胰岛素抵抗。胰岛素抵抗是指机体对胰岛素的敏感性降低，为了维持正常的血糖水平，胰腺会分泌更多的胰岛素，导致高胰岛素血症。高胰岛素血症会刺激卵巢分泌更多的雄激素，还会影响肝脏合成性激素结合球蛋白，使游离雄激素增多，进一步加重内分泌紊乱，促进多囊卵巢综合症的发展。
生活方式因素：
饮食不均衡： 长期高热量、高脂肪、高糖的饮食，会导致体重增加，而肥胖是多囊卵巢综合症的重要危险因素之一。例如，经常食用油炸食品、甜食、饮料等，会使身体脂肪堆积，影响激素代谢，引发内分泌失调，增加患病几率。缺乏运动： 运动量过少会导致身体代谢减缓，脂肪更容易堆积，同时也会影响内分泌系统的正常功能。长期缺乏运动的人，患多囊卵巢综合症的风险比经常运动的人要高。比如每天久坐不动，很少进行体育锻炼，就容易出现胰岛素抵抗等问题，进而诱发多囊卵巢综合症。