产后三个月同房会疼可能由以下原因导致：
一、子宫没有完全恢复好：
1.如果是剖宫产后，产后子宫需要一定时间来恢复，具体时长因患者自身情况而异。
二、妇科疾病：
1.若是顺产，出现同房后疼痛多数与阴道炎有关，比如宫颈炎、子宫内膜异位症、附件炎、盆腔炎以及其他子宫病变都可能引发性生活后疼痛。
为明确病因，建议先前往医院妇科进行细致检查。查清病因后需遵医嘱对症治疗。同时患者自身要调节好心态，保持积极乐观，这对妇科疾病的治疗也有较大帮助。日常生活中要保持个人卫生，内裤最好每日更换，选择宽松、舒适、透气的。饮食上尽量减少辛辣刺激性食物的摄入。同房前最好男女双方都进行清洗，可预防妇科炎症。产后可能因阴道较干涩而在性生活时出现一些不适，进行性生活时可选用含润滑剂的避孕套来增加阴道润滑度。
总之，产后三个月同房疼痛应重视并及时检查明确原因，然后采取合适的治疗和护理措施。