头疼时做CT检查还是磁共振检查更好，需要根据具体情况来决定。以下是一些需要考虑的因素：
1.病因
脑出血、脑梗死等脑血管疾病：磁共振检查对脑部结构的显示更清晰，有助于发现这些病变。
头部外伤：CT检查可以快速检测是否有颅骨骨折、颅内血肿等情况。
肿瘤：磁共振检查对软组织的分辨力更高，有助于发现脑部肿瘤。
炎症、感染：磁共振检查在诊断脑炎、脑膜炎等方面可能更有优势。
其他：如蛛网膜下腔出血、脑积水等，CT或磁共振检查都可能有帮助。
2.症状和病史
突然发作的剧烈头疼：可能是脑血管意外，CT检查更紧急。
头疼伴有神经系统症状：如偏瘫、失语、抽搐等，磁共振检查可能更合适。
长期慢性头疼：病史较长、症状不典型的头疼，磁共振检查可以提供更多信息。
有脑部疾病史或家族史：磁共振检查可以更全面地评估脑部情况。
3.检查禁忌
体内有金属植入物：如心脏起搏器、金属假牙等，磁共振检查可能受限。
幽闭恐惧症：对磁共振检查室的环境感到恐惧的患者，可能不适合磁共振检查。
4.医生的建议
医生会根据患者的具体情况进行综合评估，包括症状、病史、检查目的等，然后给出适合的检查建议。有时可能需要同时进行CT和磁共振检查，或其他进一步的检查。
综上所述，头疼时选择CT还是磁共振检查，应根据具体情况而定。在医生的指导下，选择最适合的检查方法，以获得准确的诊断和有效的治疗。此外，如果头疼持续不缓解或伴有其他严重症状，应及时就医，以便获得及时的治疗。