头疼时做磁共振和CT各有优缺点，需要根据具体情况来选择。
磁共振（MRI）的优点是软组织分辨率高，可以提供关于脑部结构和功能的详细信息，对于检测脑部病变、肿瘤、血管异常等非常敏感。此外，MRI对软组织的对比度较好，可以帮助医生发现脑部的微小病变。
磁共振的缺点是检查时间较长，噪音较大，对于幽闭恐惧症患者可能不太适合。而且，MRI设备对金属物体非常敏感，患者身上如果有金属植入物（如起搏器、金属假牙等）可能会影响检查结果或导致危险。
CT的优点是检查速度快，辐射剂量较低，对于急性头疼或怀疑有颅骨骨折的情况更为适用。CT可以快速生成脑部的断层图像，帮助医生发现脑部的结构性病变，如脑出血、脑梗死、颅骨骨折等。
CT的缺点是软组织分辨率相对较低，对于脑部的细微结构和功能异常可能不如MRI敏感。此外，CT检查也存在一定的辐射剂量，虽然较低，但对于孕妇和儿童等特殊人群需要谨慎考虑。
除了磁共振和CT外，医生还可能会根据患者的具体情况选择其他检查方法，如脑电图（EEG）、脑血管造影（DSA）等。此外，医生还会详细询问患者的病史、症状、体征等，进行全面的评估和诊断。
在选择检查方法时，患者应与医生充分沟通，了解各种检查的优缺点，并根据医生的建议做出决策。如果头疼症状严重或持续不缓解，应及时就医，以便获得准确的诊断和治疗。同时，患者在检查前应告知医生自己的病史和过敏史，遵守检查前的准备要求，以确保检查的顺利进行和结果的准确性。