头疼时，CT和磁共振成像（MRI）都有各自的优势和适用范围，医生会根据具体情况来选择最适合的检查方法。
一般来说，如果头疼是由于急性外伤、脑出血、脑梗死等紧急情况引起，或者医生怀疑有颅内结构性病变，如肿瘤、脑积水等，CT可能是首选的检查方法。CT检查速度快，可以快速提供脑部的大体结构信息，帮助医生判断是否有颅内出血、骨折等情况。
如果头疼的原因不明，或者CT检查结果正常，但医生仍怀疑有脑部病变，或者需要更详细地了解脑部的组织结构和功能，MRI可能是更好的选择。MRI对软组织的分辨力更高，可以提供更清晰的脑部图像，有助于发现脑部的微小病变、炎症、变性等情况。此外，MRI还可以用于检测脑部的功能活动，如脑血流、代谢等，对于一些功能性疾病的诊断也有一定的帮助。
需要注意的是，CT和MRI都有一定的局限性，也都存在一些潜在的风险。例如，CT检查可能会接受一定剂量的辐射，对孕妇和儿童可能需要谨慎；MRI检查过程中可能会产生较强的磁场，对体内有金属植入物的患者可能存在一定的风险。
在决定进行CT或MRI检查之前，患者可以与医生充分沟通，了解检查的目的、风险和注意事项。医生会根据患者的具体情况进行评估，并给出最合适的建议。
此外，头疼可能还有其他原因引起，如紧张性头痛、偏头痛、颈椎病等。除了检查外，医生还可能会询问病史、进行体格检查，并根据需要进一步进行其他检查或治疗。
总之，头疼时选择CT还是MRI好，需要根据具体情况来决定。在医生的指导下进行适当的检查和诊断，以便准确找到病因并采取相应的治疗措施。