灰指甲最有效的治疗方法需综合多种方式，一般来说外用药物联合局部治疗等有一定效果。比如外用抗真菌药如阿莫罗芬搽剂，每周使用1 - 2次，坚持使用数月可能有较好效果。
外用药物治疗
阿莫罗芬搽剂： 它是一种局部外用的抗真菌药物，通过抑制真菌细胞膜的合成来发挥作用。每周使用1 - 2次，能渗透进甲板发挥抗真菌功效，但一般需要连续使用数月，通常3 - 6个月左右可见效。环吡酮胺乳膏： 局部涂抹于患甲周围皮肤，可抑制真菌的生长繁殖。每天涂抹1 - 2次，坚持使用对灰指甲的治疗有帮助，但起效相对较慢，可能需要数周甚至数月时间。
口服抗真菌药物
伊曲康唑： 是一种口服的广谱抗真菌药，采用冲击疗法，即每月服药1周，连续服用3 - 4个月。它能抑制真菌细胞的麦角固醇合成，从而达到杀灭真菌的目的，但需要定期监测肝功能，因为可能会对肝脏有一定影响。特比萘芬： 也是口服抗真菌药，一般每天服用一次，连续服用3个月左右。它可以特异性地抑制真菌角鲨烯环氧化酶，阻断真菌细胞膜合成过程，进而发挥抗真菌作用，同样也需要关注肝功能情况。
局部清创治疗
手术拔甲： 对于单发的灰指甲可以考虑手术拔甲，不过手术创伤相对较大，术后恢复需要一定时间，而且术后容易复发，现在应用相对较少。一般在局部麻醉下进行，将病甲拔除，术后要注意预防感染等情况。激光治疗： 利用特定波长的激光来破坏真菌细胞结构，达到治疗灰指甲的目的。一般需要多次治疗，每次治疗时间较短，对周围正常组织损伤较小，但费用相对较高，而且不是所有患者都适用，需要医生评估后选择。