灰指甲治疗最有效的方式需综合来看，一般外用抗真菌药配合口服药等方法较有效。比如外用5%阿莫罗芬甲搽剂，每周使用1 - 2次，坚持使用几个月可能有较好效果。
外用药物治疗
阿莫罗芬甲搽剂：它是一种局部外用的抗真菌药，能抑制真菌细胞膜的合成，从而发挥抗真菌作用。每周使用1 - 2次，使用前需先清洁病甲，然后均匀涂抹在病甲及周围皮肤上，一般需要连续使用几个月，直到新甲长出。环吡酮胺甲涂剂：同样属于外用抗真菌药，通过改变真菌细胞膜的完整性，影响真菌细胞代谢过程来发挥作用。使用时要涂抹均匀，每天使用1 - 2次，坚持使用对于轻度灰指甲有一定疗效。
口服药物治疗
伊曲康唑：是一种广谱抗真菌药，采用冲击疗法，即吃一周停三周为一个疗程，一般需要2 - 3个疗程。它能抑制真菌细胞的麦角固醇合成，从而达到抗真菌效果，但服用期间需要定期监测肝功能，因为可能会对肝脏有一定影响。特比萘芬：也是常用的口服抗真菌药，每天服用一次，一般手指甲灰指甲需要服用6 - 8周，脚趾甲灰指甲需要服用12 - 16周。它能选择性抑制真菌角鲨烯环氧化酶，阻断真菌细胞膜合成过程中的重要步骤。
手术治疗
拔甲术：过去曾采用拔甲的方式治疗灰指甲，但现在已较少单独使用。拔甲后需要外用抗真菌药物配合治疗，不过拔甲会比较疼痛，而且甲床暴露后容易引发感染等问题，现在更多是作为辅助治疗手段。激光治疗：利用特定波长的激光照射病甲，破坏真菌生存环境，达到抑制真菌生长的目的。一般需要多次治疗，每次治疗时间较短，相对来说痛苦较小，但是费用可能较高，而且对于严重的灰指甲可能单独激光治疗效果有限，常需要配合其他治疗方法。
日常护理要点
保持足部干燥：灰指甲患者要注意保持脚部干燥，尤其是脚趾间，因为潮湿环境容易滋生真菌。可以经常更换袜子，选择透气性好的鞋子，洗完脚后要彻底擦干。避免交叉感染：不要与他人共用拖鞋、脚盆等物品，防止将真菌传染给他人，同时自己身上其他部位的真菌感染也可能传染到指甲，所以如果有体癣、股癣等也要及时治疗。