灰指甲治疗最有效的方式需综合多种方法，一般来说，外用药物联合口服抗真菌药物是常见有效的方式。比如外用阿莫罗芬搽剂，每周使用1 - 2次，坚持使用数月可能有较好效果；口服药物如伊曲康唑胶囊，采用冲击疗法，一个疗程通常需要数月时间，但要注意用药前需评估肝功能等情况。
外用药物治疗
阿莫罗芬搽剂： 它能抑制真菌细胞膜的合成，从而发挥抗真菌作用。使用时需先清洁病甲，然后将搽剂均匀涂抹在病甲上，一般每周使用1 - 2次。不过，使用过程中要注意避免接触周围正常皮肤，而且对于严重的灰指甲，单纯外用可能效果有限，通常需要联合其他治疗方法。环吡酮胺乳膏： 该药物可以改变真菌细胞膜的完整性，影响真菌细胞的代谢过程。涂抹在病甲及周围皮肤时，要保证药物覆盖病甲区域。但它的渗透作用相对有限，对于甲板增厚严重的灰指甲，可能需要配合其他治疗手段来增强效果。
口服抗真菌药物治疗
伊曲康唑胶囊： 它是一种合成的三氮唑衍生物，可抑制真菌细胞色素P450酶，达到抗真菌目的。采用冲击疗法，即连续服用7天，停药21天为一个疗程，一般需要2 - 3个疗程。不过，用药前必须检查肝功能，因为它可能会对肝功能有一定影响，有肝病病史的患者要谨慎使用。特比萘芬片： 能特异性地抑制真菌角鲨烯环氧化酶，阻碍真菌细胞膜的合成。通常每天服用一次，连续服用的时间根据病情而定，一般手指甲灰指甲需要服用6 - 12周，脚趾甲灰指甲可能需要服用12 - 16周。同样，用药前也需要评估肝功能情况，孕妇和哺乳期女性要避免使用。
手术拔甲治疗
适用情况： 对于单发的灰指甲，病甲严重增厚、药物治疗效果不佳时可以考虑手术拔甲。但手术拔甲创伤相对较大，术后恢复需要一定时间，而且术后要注意预防感染，同时拔甲后新长出的指甲仍有可能再次感染真菌，所以术后还需要配合抗真菌药物治疗来降低复发风险。术后注意事项： 拔甲后要保持伤口清洁干燥，按照医生的要求定期换药。在伤口愈合期间，避免患指（趾）接触水等污染物，防止感染发生。而且术后新甲生长需要一定时间，在此期间要密切观察新甲的生长情况，如果出现异常要及时就医处理。