体外射精并非绝对安全，长期采用这种避孕方式可能对身体产生一些不良影响。比如，体外射精会打乱正常的射精反射，可能导致性功能障碍，有研究发现约10%经常体外射精的男性可能出现射精延迟或不射精等问题。
对生殖系统的影响
影响射精功能： 经常体外射精，会使射精中枢在需要射精时不能正常触发射精反射，长此以往可能引起射精功能紊乱。例如，部分男性会出现射精时间延长，或者逐渐发展为难以正常射精的情况。增加前列腺炎风险： 体外射精时，性兴奋突然中断，生殖器官和前列腺等部位的充血状态不能迅速消退，长时间处于充血状态容易引发前列腺炎。有数据显示，长期体外射精的男性患前列腺炎的几率比正常避孕方式的男性高出约20%。
对心理状态的影响
造成心理压力： 体外射精避孕失败的风险相对较高，男性可能会担心避孕失败而产生焦虑、紧张等不良情绪。比如，每次体外射精后都担心女方会意外怀孕，这种长期的心理负担可能会影响心理健康，导致出现抑郁倾向等问题。影响两性关系： 由于体外射精需要男性有意识地控制射精时机，这可能会让男性在性生活中过度关注避孕问题，而忽略了伴侣的感受，进而影响夫妻之间的亲密感和感情交流，长期下去可能会对两性关系产生负面影响。
对性体验的影响
降低性满意度： 体外射精这种方式会打破正常的性节奏，让性生活的完整性受到破坏。男性在即将达到性高潮时中断射精，会使性体验不完整，久而久之可能导致双方对性生活的满意度下降。例如，有调查表明，超过30%经常体外射精的夫妻表示对性生活的满意度不如采用其他正规避孕方式的夫妻。干扰性反应周期： 人体的性反应是一个连贯的周期，体外射精中断了这个周期，可能会干扰生殖系统和身体其他系统的协调性反应，使性反应周期紊乱，影响性生活的质量和身心健康。