新生儿黄疸的发病原因主要有以下几点：
1.胆红素生成过多：
红细胞破坏增加：胎儿在宫内处于低氧环境，红细胞代偿性增多，但寿命较短，出生后血氧含量增高，过多的红细胞被迅速破坏，产生胆红素。
血红素加氧酶含量高：在生后7天内，骨髓中有巨核细胞，产生大量的血红素加氧酶，催化血红素转变为胆红素。
同族胆红素：新生儿肝细胞内Y、Z蛋白含量低，使胆红素摄取结合排泄功能不足。
2.肝脏胆红素代谢障碍：
肝酶活力低：肝细胞摄取胆红素必需的Y、Z蛋白含量低，且形成结合胆红素的功能差。
葡萄糖醛酸转移酶含量低：胆红素排泄结合胆红素的功能差。
肝肠循环特点：刚出生时肠道内正常菌群尚未建立，不能将进入肠道的胆红素还原成尿胆原、粪胆原。
3.胆汁排泄障碍：
先天性胆道闭锁：多为肝外胆道闭锁，由于胆道先天性畸形，胆道梗阻，胆红素排泄障碍，导致黄疸持续时间较长。
新生儿肝炎：多由病毒感染引起，以巨细胞病毒、乙型肝炎病毒、风疹病毒多见，可导致肝细胞破坏、炎症浸润，使肝脏胆红素代谢障碍。
其他：药物性黄疸、母乳性黄疸、Gilbert综合征、Lucey-Driscoll综合征等。