一、感染风险增加
经期第三天时，女性宫颈口处于相对开放状态，此时同房容易使外界细菌等病原体侵入阴道、子宫颈甚至子宫腔内，引发感染。例如，有研究表明，经期同房导致盆腔炎的风险显著升高。盆腔炎可出现下腹部疼痛、阴道分泌物增多且有异味等症状，若不及时治疗，可能会影响生殖系统功能，如导致输卵管粘连，进而增加宫外孕、不孕等风险。对于女性而言，无论年龄大小，经期同房都可能面临感染的潜在威胁，而有过不良生活史或本身存在生殖系统基础疾病的女性感染风险更高。
二、月经异常
同房的机械刺激可能会影响子宫的收缩，导致经期出血量增多、经期延长。原本规律的月经周期可能会被打乱，出现月经紊乱的情况。这是因为同房时的动作可能会干扰子宫正常的生理状态，影响子宫内膜的修复和脱落过程。这种月经异常对于处于生育年龄的女性来说，可能会对受孕计划产生影响，而对于青春期女性，可能会进一步干扰尚未完全发育成熟的内分泌和生殖系统的正常调节。
三、引发子宫内膜异位症风险
经期子宫腔内有创面，同房时的子宫收缩等动作可能促使子宫内膜组织逆流至盆腔等其他部位，增加子宫内膜异位症的发生几率。子宫内膜异位症会引起进行性加重的痛经、慢性盆腔痛等症状，还可能影响卵巢功能，导致排卵异常等问题，进而影响生育。不同年龄段的女性都可能面临这种风险，但青春期女性由于生殖系统仍在发育中，内膜异位症带来的影响可能更为长远和严重。
四、对男性健康的潜在影响
虽然主要是对女性健康有较大影响，但男性在经期与女性同房时，也可能接触到女性的经血等，虽然一般不会对男性造成严重的急性健康问题，但从卫生角度考虑，也不是健康的行为方式。