强直性脊柱炎可能引发多种并发症，其中眼部并发症较为常见，约25%的强直性脊柱炎患者会出现葡萄膜炎等眼部炎症，且可反复发作。
眼部并发症
前葡萄膜炎：这是强直性脊柱炎常见的眼部并发症之一，主要表现为眼睛红肿、疼痛、畏光、视力下降等。炎症通常为单侧发病，也可能双侧交替发作。虹膜炎：同样较为多见，患者会有眼部不适、视物模糊等症状，若不及时治疗，可能影响视力。
肺部并发症
肺间质病变：随着病情进展，部分强直性脊柱炎患者会出现肺间质病变，早期可能没有明显症状，随着病情加重，会出现咳嗽、活动后气短等表现。一般在患病10年以上的患者中发生率相对较高。上肺纤维化：强直性脊柱炎引发的上肺纤维化，会导致肺部结构改变，影响肺的正常功能，严重时会影响患者的呼吸功能。
骨骼肌肉并发症
脊柱骨折：由于强直性脊柱炎会使脊柱韧带骨化，脊柱弹性变差，轻微外力就可能导致脊柱骨折，尤其是颈椎骨折较为危险，可能会影响颈部活动甚至导致瘫痪等严重后果。髋关节病变：约有1/4的强直性脊柱炎患者会出现髋关节受累，表现为髋关节疼痛、活动受限，严重时会导致髋关节畸形，影响行走功能。