怀孕40天上厕所有褐色分泌物，可能由宫外孕、先兆流产、阴道炎等原因引起。孕妇需到正规医院检查以确定病因，并积极配合治疗。具体如下：
一、宫外孕：即受精卵在子宫腔外着床发育的异常妊娠，常表现为腹痛、阴道流血等症状，血液混入分泌物中可出现褐色分泌物。若怀孕40天出现此情况可能是宫外孕导致。孕妇应及时到正规医院做B超检查。如果确定是宫外孕引起的症状，需及时终止妊娠，可在医生指导下使用米非司酮片、米索前列醇片等药物进行流产，服药后要注意保养身体，避免流产对身体造成进一步伤害。
二、先兆流产：怀孕40天出现褐色分泌物，可能是体内孕酮值过低引发先兆流产所致。此时孕妇需卧床休息，避免过度劳累，同时要放松心情，避免情绪紧张。必要时可在医生指导下服用黄体酮胶丸、黄体酮胶囊、地屈孕酮片等药物进行治疗。
三、阴道炎：孕妇若患有阴道炎，导致阴道黏膜破损，使血液从毛细血管渗出并与分泌物混合后可能变为褐色。所以怀孕40天上厕所有褐色分泌物可能是阴道炎引起，孕妇可在医生指导下使用药物治疗，如苦参凝胶、克霉唑阴道片、硝呋太尔阴道片等，但孕妇不可盲目用药，以免影响胎儿发育。
总之，怀孕40天出现褐色分泌物的原因多样，要及时就医明确原因，并根据具体情况采取针对性的治疗措施。