怀孕40天有点流褐色的分泌物，可能是以下原因：
1.先兆流产：由于胚胎发育尚不稳定，孕妇体内孕激素不足，可能导致先兆流产，出现阴道少量流血，血液在阴道内被氧化后，分泌物可呈褐色。
2.宫外孕：受精卵在子宫体腔以外着床，称为宫外孕，以输卵管妊娠最常见。宫外孕时，胚胎发育不良，也可能导致阴道少量流血，出现褐色分泌物。
3.葡萄胎：葡萄胎是一种良性妊娠滋养细胞疾病，因妊娠后胎盘绒毛滋养细胞增生、间质水肿，而形成大小不一的水泡，水泡间借蒂相连成串，形如葡萄，故称为葡萄胎。葡萄胎患者的子宫大于停经月份，质软，血清HCG水平异常升高，也可能出现阴道流血，分泌物呈褐色。
4.其他：宫颈息肉、宫颈癌前病变、宫颈癌等，也可能导致阴道少量流血，分泌物呈褐色。
如果怀孕40天出现褐色分泌物，建议及时就医，进行血HCG、孕酮、B超等检查，以明确原因，并在医生的指导下进行相应的治疗。同时，孕妇应注意休息，避免剧烈运动和性生活，保持外阴清洁，勤换内裤。如果出血量增多或伴有腹痛等不适，应及时就医。