孕40天出现褐色分泌物主要与以下因素有关：
一、先兆流产：
1.孕早期孕妇体内孕酮水平低，无法支持内膜发育，导致胎膜与子宫壁部分剥离，引起局部血管网出血，进而出现褐色分泌物。
2.对此需安排彩超、抽血检查。若发现孕酮低，遵医嘱服用黄体酮胶囊或地屈孕酮片进行保胎。
二、宫外孕：
1.孕早期若为宫外孕，随着胚胎在输卵管着床发育，包块增大将引起输卵管壁损伤、破裂等，致使女性阴道出现褐色分泌物。
2.宫外孕女性应先安排住院观察，而后通过腹腔镜手术终止妊娠，以防出现大出血。
三、妇科炎症感染：
1.孕妇自身有宫颈炎、宫颈息肉等妇科疾病时，随着孕期病情发展或加重，会使宫颈部位血管网破裂，产生阴道少量褐色分泌物。
2.对于宫颈炎女性，可先休息并暂停性生活，必要时遵医嘱口服抗宫炎胶囊改善，也可在怀孕3个月以上时阴道使用消糜栓治疗，而较大的宫颈息肉可在孕3个月以上安排息肉摘除手术。
总之，孕40天出现褐色分泌物可能是多种情况导致，需要及时明确原因并采取相应的处理措施。