引起肝功能异常的原因有多种。比如药物因素，像某些抗生素、抗结核药等有可能影响肝功能，有研究显示约5% - 10%的药物性肝损伤与药物引起肝功能异常相关。
一、药物因素
某些抗生素： 比如异烟肼，长期服用异烟肼的患者中，约有10% - 20%会出现不同程度的肝功能异常，主要表现为血清转氨酶升高。抗结核药： 利福平也可能导致肝功能异常，使用利福平治疗的患者中，约1% - 2%会发生明显的肝损害，出现黄疸、转氨酶升高等情况。
二、疾病因素
病毒性肝炎： 甲型肝炎病毒感染后，约有80%的患者在病程中会出现肝功能异常，表现为谷丙转氨酶、谷草转氨酶升高等；乙型肝炎病毒感染时，慢性乙型肝炎患者中约有40% - 50%存在不同程度的肝功能异常。自身免疫性肝病： 自身免疫性肝炎患者，会持续出现肝功能异常，如谷丙转氨酶、谷草转氨酶长期处于较高水平，还可能伴有胆红素升高等情况。
三、不良生活方式因素
长期酗酒： 长期大量饮酒的人，酒精进入人体后主要在肝脏代谢，长期酗酒会导致酒精性肝病，一般饮酒超过5年，每天酒精摄入量男性超过40克，女性超过20克，就容易引起肝功能异常，会出现转氨酶升高、肝脏肿大等表现。肥胖相关肝病： 肥胖人群中，非酒精性脂肪性肝病较为常见，约有20% - 30%的肥胖者会出现肝功能异常，表现为转氨酶轻度升高，随着病情进展可能发展为脂肪性肝炎等更严重的情况。