引起肝功能异常的原因有多种。比如，病毒性肝炎是常见原因之一，像乙型肝炎病毒感染，在全球约有20亿人曾感染过乙肝病毒，其中约2.4亿人为慢性乙肝病毒感染者。
一、感染因素
病毒感染： 除了乙肝病毒，丙肝病毒感染也会引发肝功能异常。丙型肝炎呈全球性流行，可导致肝脏慢性炎症坏死和纤维化，部分患者可发展为肝硬化甚至肝细胞癌。细菌感染： 一些细菌感染也可能影响肝功能，比如伤寒杆菌感染，严重时会引起肝脏的炎症反应，导致肝功能指标异常。
二、药物因素
常见药物： 有不少药物可能造成肝功能异常，像抗结核药物异烟肼，约有10% - 20%的患者使用异烟肼后会出现肝功能损害，表现为转氨酶升高等。抗肿瘤药物： 某些化疗药物也会对肝脏有损伤作用，影响肝功能的正常代谢和合成功能。
三、酒精因素
长期大量饮酒： 长期大量饮酒是导致肝功能异常的重要原因。一般来说，成人肝脏每天代谢酒精的量有限，若长期超过肝脏代谢能力，酒精及其代谢产物乙醛会直接毒害肝细胞，引起肝细胞变性、坏死，进而导致肝功能异常。通常，每日饮酒量超过80g（男性）且持续10年以上，就较易引发酒精性肝病，出现肝功能异常情况。