雌激素与孕激素在女性体内有着不同作用。雌激素通常在女性青春期发育等过程中发挥重要作用，比如女性青春期时，雌激素能促进乳腺导管增生等。而孕激素多在女性排卵后，为受孕做准备等。
来源与产生部位不同
雌激素来源： 主要由卵巢的卵泡细胞等分泌，胎盘也能分泌少量雌激素。女性进入青春期后，卵巢开始周期性分泌雌激素。孕激素来源： 主要由卵巢的黄体分泌，怀孕后胎盘也会大量分泌孕激素。一般在排卵后，黄体形成开始分泌孕激素。
生理功能不同
雌激素的生理功能： 它能促进女性生殖器官的发育，像促进子宫肌细胞增生肥大，使子宫增厚等；还能维持女性第二性征，比如促使乳房发育等；对代谢也有影响，能促进水钠潴留等。例如青春期女性，雌激素水平上升会让乳房逐渐发育成型。孕激素的生理功能： 它主要是为受孕做准备，能使子宫内膜增厚，为受精卵着床提供良好的环境；在怀孕后，孕激素能抑制子宫的收缩，起到安胎的作用；还能促进乳腺腺泡的发育，为泌乳做准备等。比如排卵后，孕激素水平升高，子宫内膜增厚，为可能到来的受精卵着床做准备。
临床应用不同
雌激素的临床应用： 可以用于治疗雌激素缺乏引起的症状，像更年期女性因雌激素缺乏出现的潮热、盗汗等血管舒缩症状；还能用于一些月经不调等疾病的治疗。但使用雌激素需要谨慎评估风险，比如有乳腺癌家族史的女性使用雌激素可能增加风险。孕激素的临床应用： 常用于调节月经周期，比如因为孕激素不足导致的月经不调；还能用于先兆流产的保胎治疗等。不过使用孕激素时也有注意事项，比如有严重肝肾功能不全的患者要慎用孕激素类药物。