孕激素和雌激素都是女性体内重要的性激素，但它们有明显区别。孕激素通常在雌激素作用基础上发挥效应，一般来说，女性体内雌激素水平在月经周期中会有波动，卵泡期雌激素水平逐渐升高，排卵后黄体形成，孕激素也开始分泌；而孕激素在排卵后由黄体大量分泌。
产生部位与时间不同
雌激素产生部位：主要由卵巢的卵泡细胞等分泌，在女性青春期开始后，随着卵巢的周期性变化而分泌，卵泡期分泌量逐渐增多，排卵期达到高峰等。孕激素产生部位：主要由卵巢的黄体细胞分泌，在排卵后，黄体形成，开始大量分泌孕激素；另外，胎盘也可以分泌孕激素，妊娠期胎盘分泌的孕激素量会大幅增加。
生理功能不同
雌激素的生理功能：促进女性生殖器官的发育，比如使子宫发育，子宫内膜增生等；促进第二性征的出现，像乳房发育、骨盆变宽等；还对代谢有影响，能降低血管通透性，对心血管有一定保护作用等。例如，青春期女孩雌激素分泌促使乳房逐渐发育成型。孕激素的生理功能：主要是为受精卵着床做准备，使子宫内膜从增生期转化为分泌期，利于受精卵着床；在怀孕后，维持妊娠，抑制子宫收缩等；还能促进乳腺腺泡的发育，为泌乳做准备等。比如，排卵后孕激素水平升高，使子宫内膜适合受精卵种植。
缺乏时的影响不同
雌激素缺乏的影响：女性可能出现月经不调，比如月经量减少、月经周期紊乱等；还可能出现更年期症状，像潮热、盗汗、情绪波动大等；长期缺乏雌激素还可能增加骨质疏松的风险等。例如，绝经后的女性由于卵巢功能衰退，雌激素分泌减少，容易出现骨质疏松，骨折风险增加。孕激素缺乏的影响：如果是在非孕期孕激素缺乏，可能导致月经紊乱，出现月经周期缩短、经期延长等情况；在孕期孕激素缺乏可能增加流产的风险等。比如，有些女性在怀孕早期因为孕激素水平不足，容易发生先兆流产。