嗅觉失灵的原因有多种。一般来说，约有1/3的嗅觉障碍患者是由于鼻部疾病引起，比如急性鼻炎，在感染后的1~2周内，约30%的人会出现短暂嗅觉减退，而慢性鼻炎、鼻窦炎等也可能导致嗅觉失灵，长期的鼻窦炎患者中，部分会逐渐出现嗅觉下降情况。
鼻部疾病导致
鼻腔炎症： 像过敏性鼻炎，患者接触过敏原后，鼻腔黏膜水肿、分泌物增多，会影响气味分子到达嗅区。例如常年接触尘螨的过敏性鼻炎患者，长期受炎症刺激，嗅觉功能易受影响。鼻息肉： 鼻息肉会阻塞鼻腔通道，使气味分子无法正常接触嗅神经。一般直径较大的鼻息肉更易引发明显嗅觉障碍，有研究显示约60%的鼻息肉患者存在不同程度嗅觉减退。
头部外伤引发
颅前窝骨折： 头部受到外伤导致颅前窝骨折时，可能会损伤嗅神经，从而引起嗅觉失灵。据统计，头部外伤后约有5%~20%的患者会出现嗅觉障碍，其中部分是因嗅神经损伤所致。脑震荡： 严重的脑震荡也可能波及嗅神经相关结构，导致嗅觉减退或丧失。一些脑震荡患者在恢复过程中，会发现嗅觉不如从前。
神经系统病变造成
病毒感染： 某些病毒感染累及嗅神经中枢时会引发嗅觉问题。比如单纯疱疹病毒感染，可引起病毒性神经炎，损害嗅神经，导致嗅觉失灵。有资料表明，由病毒感染引发嗅觉障碍的病例中，部分是因病毒侵犯嗅神经通路引起。神经退行性疾病： 像阿尔茨海默病，在疾病早期可能就会出现嗅觉减退现象，随着病情进展，嗅觉障碍会逐渐加重。有研究发现，约70%的阿尔茨海默病患者在早期存在嗅觉功能异常。