甲状腺功能减退症（甲减）主要是由于甲状腺激素合成及分泌减少，或其生理效应不足所致机体代谢降低的一种疾病。其中，自身免疫损伤是最常见的原因，约占85%以上。比如自身免疫性甲状腺炎，包括桥本甲状腺炎等，会攻击甲状腺组织，影响甲状腺激素的正常合成。
自身免疫因素相关
自身免疫性甲状腺炎： 像桥本甲状腺炎，它是一种慢性自身免疫性疾病，体内会产生针对甲状腺的自身抗体，如甲状腺过氧化物酶抗体（TPOAb）、甲状腺球蛋白抗体（TgAb）等，这些抗体持续攻击甲状腺细胞，逐渐破坏甲状腺组织，使得甲状腺合成甲状腺激素的能力下降，从而引发甲减。一般在桥本甲状腺炎的病程中，有一定比例的患者会发展为甲减，且女性发病率高于男性。其他自身免疫性疾病伴随： 一些其他自身免疫性疾病也可能与甲减相关，比如1型糖尿病患者中，合并甲减的概率相对较高，这是因为自身免疫机制在不同的内分泌器官上都可能发挥作用，导致甲状腺功能受到影响。
甲状腺破坏因素相关
放射性碘治疗： 甲亢患者接受放射性碘治疗后，碘-131会被甲状腺摄取，破坏甲状腺组织细胞，随着时间推移，甲状腺合成甲状腺激素的量会逐渐减少，从而引发甲减。通常在放射性碘治疗后的几个月到几年内，可能会出现甲减的情况，据统计，放射性碘治疗后10年内，约有50% - 70%的患者会发展为甲减。手术治疗： 因甲状腺结节、甲亢等疾病进行甲状腺部分或全部切除手术时，如果切除的甲状腺组织过多，剩余的甲状腺组织不能满足身体对甲状腺激素的需求，就会导致甲减。比如甲状腺癌患者进行甲状腺全切术后，几乎都会出现甲减，需要终身补充甲状腺激素。
药物因素相关
抗甲状腺药物： 如甲巯咪唑、丙硫氧嘧啶等，在治疗甲亢时，如果药物使用剂量过大，可能会过度抑制甲状腺激素的合成，导致甲减。一般在调整药物剂量后，部分患者的甲状腺功能可以恢复，但如果长期大剂量使用，也可能导致永久性甲减。含碘药物： 一些含碘的药物，如胺碘酮等，长期服用可能会影响甲状腺激素的代谢，干扰甲状腺的功能，导致甲减。因为胺碘酮中含有较高的碘，摄入过多碘会影响甲状腺激素的合成和释放，特别是对于本身有甲状腺疾病易患因素的人群，更容易诱发甲减。