甲状腺功能减退症（甲减）的原因有多种。其中，自身免疫损伤是常见原因之一，约占85%以上，比如自身免疫性甲状腺炎，像慢性淋巴细胞性甲状腺炎（桥本病），患者自身免疫系统错误地攻击甲状腺，导致甲状腺激素合成减少。
自身免疫因素相关
自身免疫性甲状腺炎： 除了慢性淋巴细胞性甲状腺炎，还有萎缩性甲状腺炎等也属于自身免疫性甲状腺炎范畴。这些疾病会持续破坏甲状腺组织，影响甲状腺正常分泌激素的功能。
甲状腺破坏相关
放射性碘治疗： 一些患者因甲亢等疾病接受放射性碘治疗，放射性物质在破坏甲状腺细胞治疗甲亢的同时，也可能导致甲状腺功能减退。一般在治疗后的数月至数年可能逐渐出现甲减症状。手术切除甲状腺： 因甲状腺结节、甲状腺癌等疾病进行甲状腺手术时，如果切除甲状腺组织过多，剩余甲状腺组织不能满足身体对甲状腺激素的需求，就容易引发甲减。
碘摄入异常相关
碘缺乏： 当人体长期碘摄入不足时，会影响甲状腺激素的合成。比如在一些碘缺乏地区，居民长期从饮食中摄取碘量不足，就可能增加患甲减的风险。碘过量： 短时间内大量摄入碘，也可能影响甲状腺功能，导致甲减。例如长期大量服用含碘药物等情况，可能干扰甲状腺正常的激素合成与分泌过程。