脑干损伤后遗症是指脑干损伤患者在急性期过后仍遗留的一系列症状。脑干损伤多由车祸、高处坠落等严重外伤引起，约有30% - 50%的脑干损伤患者会遗留后遗症。
运动功能方面的后遗症
肢体运动障碍： 部分患者会出现肢体瘫痪，常见的是一侧肢体或双侧肢体的运动功能减退，表现为肌肉力量减弱，无法正常完成抬手、走路等动作。比如有的患者下肢无力，行走时需借助拐杖等辅助器具。肌张力异常： 可能出现肌张力增高，表现为肢体僵硬，活动不灵活；也有部分患者肌张力降低，肢体松软。
认知与意识方面的后遗症
意识障碍持续： 有些患者可能长期处于意识模糊状态，对外界刺激的反应较迟钝。例如对呼唤、疼痛等刺激的回应不及时或不明显。认知功能受损： 会出现记忆力减退，难以记住近期发生的事情；注意力不集中，难以长时间专注于某件事情；还可能存在计算力下降等情况，比如算简单的算术题都比较困难。
颅神经功能后遗症
眼球运动障碍： 脑干损伤可能影响动眼神经、滑车神经、外展神经等，导致眼球运动异常，出现复视（看东西重影）、眼球不能正常转动等情况。面部感觉与运动异常： 三叉神经受损会引起面部感觉减退或疼痛；面神经受累可能导致面部肌肉瘫痪，出现口角歪斜等表现。
其他方面的后遗症
呼吸循环功能异常： 部分患者可能存在呼吸节律不规则，比如呼吸浅快或深慢交替；循环系统方面可能出现血压不稳定，波动较大。吞咽困难： 由于脑干与吞咽相关的神经功能受损，患者会出现吞咽困难，进食时容易呛咳，进而可能导致吸入性肺炎等并发症。