脑干有损伤后遗症可能表现多样。一般来说，脑干损伤后可能在数周甚至数月后出现后遗症，常见的有意识障碍相关后遗症，比如长期处于植物生存状态，据统计约有一定比例的脑干损伤患者会出现这种情况；还可能有运动功能方面的后遗症，像肢体瘫痪，表现为一侧或双侧肢体运动无力、活动受限；也会有颅神经功能障碍后遗症，例如眼球运动障碍，出现复视等情况，影响视物；另外，还可能有吞咽功能障碍后遗症，导致吞咽困难，进食时容易呛咳，严重影响患者的营养摄入和生活质量。
意识障碍相关后遗症
植物生存状态： 脑干损伤后部分患者会进入植物生存状态，表现为有睡眠 - 觉醒周期，但无意识活动，不能与外界交流，仅能维持呼吸、心跳等基本生命体征，这种状态可能会持续较长时间，有的甚至数年。
运动功能后遗症
肢体瘫痪： 脑干损伤可能影响运动传导通路，导致肢体瘫痪。如果是单侧脑干损伤，可能出现对侧肢体的瘫痪；如果是双侧脑干损伤，可能会出现四肢的严重瘫痪，患者无法自主活动肢体，需要长期的康复训练来尝试改善运动功能，但恢复往往比较困难。
颅神经功能障碍后遗症
眼球运动障碍： 脑干内有众多控制眼球运动的神经核团，脑干损伤后容易出现眼球运动障碍，比如眼球不能正常向各个方向转动，导致复视，患者看东西时会有重影，严重影响日常的视物和活动，像走路、阅读等都会受到干扰。
吞咽功能障碍后遗症
吞咽困难： 脑干损伤可能影响吞咽相关的神经支配，造成吞咽功能障碍。患者在吞咽食物或液体时会出现困难，容易发生呛咳，这不仅会影响患者的营养摄入，导致体重下降、营养不良等问题，还可能引发吸入性肺炎等严重并发症，需要通过鼻饲等方式来保证营养供给，并且后期需要进行吞咽功能的康复训练来逐步改善。