脑干损伤后可能出现多种后遗症。一般来说，约有30% - 50%的脑干损伤患者会遗留不同程度的后遗症。
运动功能方面的后遗症
肢体运动障碍： 患者可能出现肢体瘫痪，常见的是一侧或双侧肢体肌力下降，表现为无法正常活动肢体，严重者完全不能自主运动。比如下肢瘫痪的患者可能长期卧床，无法行走。肌肉异常： 还可能出现肌肉痉挛，导致肢体僵硬，影响关节活动，增加康复训练的难度。部分患者会有肌肉萎缩现象，这是因为长期不活动或神经损伤影响了肌肉的营养供应。
认知与意识方面的后遗症
意识障碍持续： 有些患者可能长期处于意识模糊状态，不能清晰感知周围环境和自身状况。比如无法准确回答简单问题，对时间、地点等定向力出现障碍。记忆力减退： 脑干损伤可能影响记忆功能，导致患者近期记忆力和远期记忆力都受到不同程度的损害，难以记住新发生的事情或过去的重要经历。
颅神经功能后遗症
眼球运动障碍： 脑干与眼球运动的神经关系密切，损伤后可能出现眼球不能正常转动，如眼球固定、斜视等情况，影响视觉功能和眼部的正常协调运动。吞咽困难： 会导致吞咽反射异常，患者进食时容易出现呛咳，进而引发吸入性肺炎等并发症，严重影响营养摄入和身体健康，需要通过鼻饲等方式补充营养。
其他方面的后遗症
二便失禁： 由于脑干损伤影响了神经对排尿、排便的控制，患者可能出现大小便失禁的情况，需要长期进行护理，增加了护理负担和患者的痛苦。呼吸循环功能异常： 部分患者可能遗留呼吸节律不规整等呼吸功能问题，以及血压、心率等循环系统的不稳定情况，需要持续关注和相应的医疗干预来维持基本生命体征的稳定。