滤泡性咽炎的治疗需综合多方面因素，一般可通过药物治疗、物理治疗等方式来改善，具体治疗方法要根据病情严重程度等决定。
药物治疗方面
局部用药： 可以使用含漱液，如复方硼砂含漱液，能清洁口腔，减轻炎症反应。还可局部涂抹碘甘油，有杀菌、收敛的作用，帮助缓解咽部不适。全身用药： 如果是由细菌感染引起，可根据病情适当使用抗生素，比如青霉素类抗生素（不过要先确认无过敏史），它能抑制细菌细胞壁的合成，从而发挥杀菌作用。但抗生素的使用必须在医生指导下，依据感染情况合理选用。
物理治疗方面
激光治疗： 利用激光的能量去除增生的淋巴滤泡。一般治疗后要注意保持口腔清洁，短时间内避免进食辛辣、过热的食物，大概1 - 2周创面可逐渐愈合。冷冻治疗： 通过低温使增生的滤泡组织坏死、脱落，进而达到治疗目的。治疗后可能会有局部轻微肿胀，通常数天内可消退，期间要避免刺激咽部。
日常调理方面
饮食调整： 要避免食用辛辣、刺激性食物，像辣椒、花椒等，这些食物会刺激咽部，加重滤泡性咽炎的症状。同时要多喝水，每天保证饮水量在1500 - 2000毫升左右，保持咽部黏膜湿润，有助于缓解不适。生活习惯： 要注意戒烟戒酒，因为烟雾和酒精都会对咽部造成刺激，不利于病情恢复。还要保证充足的睡眠，让身体得到良好的休息，增强机体的抵抗力，对滤泡性咽炎的恢复有帮助。另外，要避免长期大声说话，减少咽部的过度用嗓。
中医治疗方面
中药调理： 一些中药方剂可能对滤泡性咽炎有一定疗效，比如半夏厚朴汤等，有行气散结、降逆化痰的作用，但具体用药需由中医师根据患者的具体症状、体质等进行辨证论治后开具处方。中医外治： 可以采用穴位按摩，比如按摩廉泉穴、天突穴等，通过刺激穴位来调节咽部的气血运行，缓解咽部不适症状，但按摩力度等要适中，需在专业人员指导下进行。