眼肌麻痹的治疗方法需根据病因来定。一般来说，病因不同治疗方式有差异。比如由糖尿病引起的眼肌麻痹，首先要控制血糖，将血糖控制在合理范围，可能需要数周甚至数月使血糖稳定，以促进神经恢复。
针对病因治疗
颅内病变导致：如果是颅内动脉瘤压迫引起的眼肌麻痹，可能需要进行手术治疗来夹闭动脉瘤，解除对眼肌神经的压迫。而对于颅内肿瘤导致的眼肌麻痹，则需要根据肿瘤的性质、部位等情况，采取手术切除、放疗或化疗等相应治疗。外伤引起：若眼肌麻痹是眼部外伤导致，轻度的外伤引起的眼肌麻痹，可先进行保守治疗，如使用神经营养药物，像甲钴胺等，促进神经的修复，一般需要持续用药数周观察恢复情况。如果是严重的外伤导致眼外肌损伤严重，可能需要进行手术修复眼外肌。
康复治疗
视觉训练：对于眼肌麻痹导致眼球运动受限影响视力的患者，可以进行视觉训练。比如通过特定的眼球运动训练，每天进行一定次数的训练，每次训练时间可控制在10 - 15分钟左右，逐步改善眼球的运动功能。针灸辅助：针灸也可作为辅助治疗手段。通过针刺眼部周围及相关经络穴位，起到疏通经络、调和气血的作用，帮助改善眼肌麻痹的症状，但针灸治疗需由专业医生操作，一般每周进行2 - 3次针灸治疗。
药物治疗辅助
神经营养药物：除了甲钴胺，还有维生素B1等神经营养药物也可使用。维生素B1能参与神经细胞内糖代谢，维持神经正常功能，一般可以口服，按照常规剂量服用，但要注意如果有过敏等情况需避免使用。糖皮质激素：如果是炎症性因素导致的眼肌麻痹，如重症肌无力相关的眼肌麻痹，可能会使用糖皮质激素。但糖皮质激素使用需谨慎，要严格掌握适应证和剂量，比如初始剂量可能根据病情给予一定量，然后根据治疗反应调整剂量，使用过程中需密切监测血压、血糖等指标变化。