生化流产是指精卵结合后，没有成功在子宫着床的妊娠。据统计，生化流产在早期妊娠中占比较高，约占50% - 70%。
染色体异常因素
胚胎染色体异常： 这是导致生化流产最常见的原因之一。受精卵在发育过程中，染色体发生数目或结构的异常，使得胚胎无法正常着床和发育。比如，常见的染色体数目异常有三体、单体等情况，这种染色体的异常往往是随机发生的，与父母双方的年龄等因素有一定关联，女性年龄大于35岁后，胚胎染色体异常的概率会明显增加。父母染色体问题： 如果父母双方其中一方的染色体存在平衡易位等结构异常，也可能会影响受精卵的染色体组成，从而增加生化流产的发生风险。例如，父亲或母亲携带平衡易位染色体，那么他们的生殖细胞在结合形成受精卵时，就有可能出现染色体的不平衡，导致胚胎发育异常，最终引发生化流产。
子宫因素
子宫解剖结构异常： 像子宫纵隔、单角子宫、双角子宫等子宫畸形情况，会影响子宫的内环境，使得受精卵难以着床。子宫纵隔是由于胚胎时期子宫发育过程中融合不全导致的，纵隔会占据子宫腔的部分空间，改变了子宫内的微环境，影响受精卵的着床位置和着床后的发育；单角子宫则是只有一侧副中肾管发育，子宫形态和容积异常，也不利于受精卵的正常着床。子宫内膜问题： 子宫内膜过薄或过厚都可能影响生化流产。子宫内膜厚度一般在月经周期的不同阶段有所变化，正常情况下，适合受精卵着床的子宫内膜厚度大约在8 - 12毫米之间。如果子宫内膜过薄，比如小于7毫米，那么受精卵着床时就缺乏足够的营养支持和合适的着床环境，容易发生生化流产；而子宫内膜过厚，可能存在内膜增生等问题，也会干扰受精卵的正常着床过程。
内分泌因素
黄体功能不全： 黄体分泌的孕酮对于维持妊娠至关重要。如果黄体功能不全，就会导致孕酮分泌不足，使得子宫内膜分泌反应不良，从而影响受精卵的着床和发育。一般来说，通过检测孕酮水平可以辅助判断黄体功能，如果黄体期孕酮水平低于正常范围，就提示可能存在黄体功能不全的情况，增加生化流产的发生几率。甲状腺功能异常： 甲状腺分泌的甲状腺激素对胚胎的生长发育有重要调节作用。甲状腺功能减退时，体内甲状腺激素水平降低，会影响子宫内膜的容受性，不利于受精卵着床；而甲状腺功能亢进时，过高的甲状腺激素水平也可能干扰内分泌平衡，增加生化流产的风险。例如，临床研究发现，甲状腺功能减退的女性怀孕后，生化流产的发生率明显高于甲状腺功能正常的女性。
免疫因素
自身免疫异常： 体内存在抗磷脂抗体等自身抗体时，会影响胎盘的血液循环，导致胎盘缺血、缺氧，进而影响胚胎的发育，增加生化流产的可能性。抗磷脂抗体综合征患者就常常会出现反复的生化流产、胎停育等情况，这类自身抗体的存在会破坏胎盘的血管内皮细胞，阻碍胎盘的正常功能。同种免疫异常： 母体对胚胎的免疫排斥反应过强也可能导致生化流产。正常情况下，母体的免疫系统应该对胚胎产生适当的免疫耐受，但如果这种免疫耐受机制出现异常，母体的免疫系统将胚胎视为外来异物进行攻击，就会使得受精卵无法在子宫内正常着床和发育，从而引发生化流产。