高烧反复发作可能由多种原因造成。比如感染性因素，像细菌感染，当人体感染肺炎链球菌等细菌后，可能会引发肺炎，从而出现高烧反复的情况，这种感染可能持续数天甚至更久；病毒感染也是常见原因，流感病毒引起的流感，患者往往会出现持续3~5天甚至更长时间的高烧反复。
感染性因素导致
细菌感染方面： 除了肺炎链球菌，还有金黄色葡萄球菌等细菌感染也会造成高烧反复。比如皮肤软组织感染由金黄色葡萄球菌引起时，炎症反应持续存在就容易让体温反复升高。病毒感染方面： 除了流感病毒，EB病毒感染也可能导致高烧反复发作，感染EB病毒后，患者可能会持续发热数周，同时伴有咽痛、淋巴结肿大等症状。
非感染性因素导致
自身免疫性疾病： 像系统性红斑狼疮，这是一种自身免疫紊乱的疾病，患者体内免疫系统错误地攻击自身组织，会出现长期低热或高烧反复的情况，而且病情容易迁延不愈。恶性肿瘤： 某些恶性肿瘤也会引起高烧反复发作，例如白血病，白血病患者骨髓中异常的白细胞大量增殖，影响正常的免疫功能和身体代谢，常常会有持续或间断的发热表现。
其他因素
环境因素： 如果长时间处于高温环境中，人体散热困难也可能导致体温调节紊乱，出现类似高烧反复的情况，但这种情况通过脱离高温环境多能缓解。散热障碍： 比如严重烧伤患者，皮肤的散热功能受到破坏，也会出现体温反复升高的现象，因为皮肤是人体重要的散热器官，烧伤后散热功能受损就会影响体温稳定。