结肠炎的用药需根据类型等情况来定，一般氨基水杨酸制剂是常用药物，比如柳氮磺吡啶，适用于轻、中度溃疡性结肠炎，不过可能会有恶心、呕吐等不良反应，且对磺胺过敏者禁用。
氨基水杨酸制剂类
美沙拉嗪： 有口服制剂也有栓剂、灌肠剂等局部用药形式。口服美沙拉嗪适用于轻、中度结肠炎，局部用药则更针对病变局限在直肠、乙状结肠等部位的情况，它能抑制肠道炎症反应，但可能会引起头痛、头晕等不适，孕妇和哺乳期女性使用需谨慎。
糖皮质激素类
泼尼松： 对于氨基水杨酸制剂疗效不佳的中、重度结肠炎患者可能会用到。它具有强大的抗炎作用，能快速缓解症状，但长期使用可能会导致向心性肥胖、骨质疏松等不良反应，比如长期使用1 - 2个月可能出现骨质疏松风险增加，所以需要在医生严密监测下使用，且不能突然停药。
免疫抑制剂类
硫唑嘌呤： 适用于对糖皮质激素治疗效果不佳或依赖的结肠炎患者，它可以抑制免疫系统反应来控制炎症，但起效相对较慢，可能需要数周甚至数月才能看到效果，而且可能会有骨髓抑制等不良反应，用药期间需要定期监测血常规等指标。
生物制剂类
英夫利西单抗： 对于重度且对传统治疗药物无效的结肠炎患者可能会用到，它通过特异性结合肿瘤坏死因子来发挥作用，但使用前需要进行结核等筛查，因为可能会增加感染风险，而且价格相对较高，一般每剂可能需要数千元不等。